News archive

Happy new year!
Happy new year to all our contributers!

Allen Projektunterstützern wünschen wir ein frohes neues Jahr!

Michael.
1 Jan 2024, 18:09:11 UTC · Discuss

Best wishes for 2023
We hope you all managed to celebrate a nice christmas season. Happy new year!

Wir hoffen, dass ihr alle ein schönes Weihnachtsfest feiern konntet. Frohes neues Jahr!

Michael.
7 Jan 2023, 23:38:34 UTC · Discuss

Server update & migration
Just as a note in advance: There will be an RNA World server update coming up combined by migration of the entire server infrastructure to a new machine by 31st of December at the latest.

Eine kurze Vorabmeldung: Wir werden bis spätestens 31. Dezember ein umfassendes RNA World Serverupdate durchführen und die gesamte Serverinfrastruktur auf eine neue Maschine migrieren.

Michael.
15 Oct 2021, 12:46:08 UTC · Discuss

Happy New Year!
The RNA World team wishes all of you a happy, healthy and successful new year - and thanks a lot for your continued support.

Das RNA World Team wünscht euch allen ein frohes, gesundes und erfolgreiches neues Jahr - und bedankt sich für eure kontinuierliche Projektunterstützung.

Michael.
1 Jan 2021, 10:52:43 UTC · Discuss

Merry Christmas
Despite this years somewhat difficult circumstances, the RNA World team wishes all of you a happy christmas season.

Das RNA World Team wünscht allen RNA World Unterstützern ein gemütliches Weihnachtsfest - trotz der diesjährig eher widrigen Gesamtumstände. Lasst es euch gut gehen.

Michael.
25 Dec 2020, 12:29:51 UTC · Discuss

Small popular science article published in Laborjournal (German)
Today, a brief popular science article dealing with the Rechenkraft.net community and the RNA World Projekt has appeared in the online version of the popular German lab journal 'Laborjournal' - unfortunately, this article is available only in German. Rechenkraft.net has spread the news already via Twitter.

Heute ist im Laborjournal (Online-Variante) ein kleiner deutschsprachiger Artikel zur Rechenkraft.net Community und unserem RNA World Projekt herausgekommen. Rechenkraft.net hat ihn auch schon über Twitter verbreitet.

Michael.
21 Sep 2020, 11:18:44 UTC · Discuss

Unplanned server shut down
Dear participants,
for unknown reasons, the RNA World server shut down yesterday.
Due to the unusually high temperatures my best guess at present is that the machine has undergone a safety shut down to prevent hardware damage.
We will investigate this in more detail.
For now, after manual inspection I have managed to successfuly reboot the machine and everything seems to work fine again.
Some measures have been taken to try to reduce the temperature in the server room.
Thanks a lot to those who have reported this issue to us - fortunately, and in contrast to all other BOINC projects, our discussion forum is independently hosted from the project server such that we remain reachable even in case of a total system failure. ;-)

Liebe Unterstützer,
aus ungeklärten Gründen ist der RNA World Server gestern ausgeschaltet worden. Aufgrund der derzeit hohen Sommertemperaturen tippe ich darauf, dass sich die Maschine zur Vermeidung von Hardwareschäden runtergefahren hat. Wir haben die Logs noch nicht ausgewertet, werden der Ursache aber noch im Detail nachgehen.
Nach Inspizierung vor Ort habe ich den Server inzwischen erfolgreich manuell wieder hochgefahren und derzeit scheint alles normal zu funktionieren.
Es wurden ein paar Maßnahmen ergriffen, um die Temperaturen im Serverraum etwas niedriger zu halten.
Bedanken möchten wir uns recht herzlich bei denjenigen, die uns über das Problem informierten - glücklicherweise ist unser Diskussionsforum anders als bei allen anderen BOINC-Projekten von der Serverinfrastruktur unabhängig, sodass wir auch nach einem Totalausfall erreichbar bleiben. ;-)

Michael.
29 Aug 2019, 10:12:40 UTC · Discuss

BOINC Open Source Project looking for experienced MacOS developers
The Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) system is the software infrastructure used by RNA World and many other volunteer distributed computing projects. The BOINC Open Source Project is looking for volunteers to develop and maintain the BOINC client on macOS. The BOINC Client and Manager are C++ cross-platform code supporting Microsoft Windows, macOS, Linux, and several other operating systems. Currently there are a number of volunteer developers supporting Windows and Linux, but the main macOS developer is winding down his involvement after many years. He is prepared to help a few new macOS developers get up to speed.

If you have macOS development experience and are interested in volunteering time to help support and maintain the BOINC macOS client please have a look at the more detailed description here: https://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/MacDeveloper

If you want to help, please sign up to the BOINC Developer email list here: https://groups.google.com/a/ssl.berkeley.edu/forum/#!forum/boinc_dev.

If you are not a macOS developer, but have other skills and are interested in contributing to BOINC, the link above also has more general information.

Michael.
24 Feb 2019, 14:05:51 UTC · Discuss

Merry Christmas
The RNA World team wishes all of you a happy christmas season.

Wir wünschen all unseren Unterstützern ein fröhliches Weihnachtsfest!

Michael.
25 Dec 2018, 12:52:20 UTC · Discuss

New electricity backend
A few days ago, a new electricity backend was setup.

Vor wenigen Tagen wurde das RNA World Projekt an ein verbessertes Stromnetz angeschlossen.

Michael.
13 Jul 2018, 5:29:40 UTC · Discuss

Short server outage
Yesterday afternoon, we experienced a server outage over a period of a few hours. Everything should be back to normal now. The cause is actually unknown, probably some issues with the electricity circuits.

Gestern war der RNA World Server aus unbekannten Gründen ein paar Stunden nicht erreichbar. Wir vermuten ein Problem mit der Spannungsversorgung, da ein HPC und etliche andere Maschinen ebenfalls ausgefallen sind. Seit gestern ca. 17:30 Uhr Lokalzeit sollte aber wieder alles regulär laufen.

Michael.
29 Sep 2017, 10:44:54 UTC · Discuss

Meet the RNA World team in Wieda, Germany, 2.-5. June
Vom 2.-5. Juni findet in Wieda im Harz das 8. teamübergreifende BOINC-Treffen statt. Es werden Mitglieder verschiedener Teams und Projekte dabei sein und wir werden gemeinsame Ausflüge unternehmen, grillen und einfach mal Leute in der Realität treffen, die man sonst nur Online kennt.

Es sind noch einige Plätze frei. Näheres zur Teilnahme und das Antragsformular finden sich bei uns im Forum.

Vom RNA World Team werden Yoyo und Michael vor Ort sein.

MIchael.

P.S.: This information is in German only, because we do not assume people from english-speaking countries to join. If this assumption is wrong, do not hesitate to contact us for furher details.
25 May 2017, 7:05:14 UTC · Discuss

Manual inspection of the monster WUs: Credits coming up
I am very happy to anounce that, thanks one of our particularly enthusiastic volunteer crunchers (Jacob Klein), we were finally able to make major progress regarding the yet non-validated very long work units (termed Monster WUs).
Some of you may remember that the transition from regular to virtual machine-based computation of these tasks resulted in the problem that we had to carry out the validation process manually.
This issue now appears to be resolved and Christian is going to make a few magic tweaks on the server side such that the corresponding credits will be granted - presumably some time this upcoming weekend.
Again, my thanks to Jacob for helping us to finally get this going.

Ich freue mich darüber, euch mitteilen zu können, dass wir Dank eines unserer besonders engagierten Unterstützer (Jacob Klein) große Fortschritte bei der Validierung der besonders aufwändigen Monster WUs machen konnten.
Einige von euch werden sich sicher noch daran erinnern, dass wir beim Übergang zur Berechnung der sehr langen Aufgaben unter Virtualbox das Problem hatten, dass klassich berechnete WUs manuell gegen VM-basierte WUs zu validieren waren.
Dieses Problem scheinen wir nun in den Griff bekommen zu haben und Christian wird - voraussichtlich noch kommendes Wochenende - einige magische Griffe auf unserem Server anwenden, damt die entsprechend ausstehenden Credits endlich vergeben werden können.
Ich möchte mich an dieser Stelle noch einmal bei Jacob für seine wertvolle Hilfe bedanken.

:)
Michael.
27 Apr 2017, 13:59:31 UTC · Discuss

Server hard disk replacement
Our server indicates issues with one of the hard disks in our raid system, so we had ordered two replacement drives which will presumably be tested and used to cure the problem, today.
It is therefore possible that the RNA World server might be offline for a short while.
Anyway, different from other DC projects our discussion forums always remain available for communication with the project team independently of the core server status.

Unser Server scheint ein paar Probleme mit einer der Platten des RAID-Verbunds zu haben, also haben wir umgehend zwei neue bestellt, die wir voraussichtlich heute noch einbauen, testen und zur Lösung des Problems nutzen werden.
Es ist daher möglich, dass der Server zwischenzeitlich mal nicht erreichbar ist.
Für den Fall der Fälle ist unser Diskussionforum - anders als bei anderen DC-Projekten - auch unabhängig vom Projektserverstatus kontinuierlich für Kommunikationszwecke mit uns verfügbar.

Michael.
20 Jan 2017, 13:13:40 UTC · Discuss

Happy New Year
The RNA World team wishes all of our participants a happy new year! ;-)

Ein frohes neues Jahr an all unsere Unterstützer! ;-)

Michael.
1 Jan 2017, 15:14:45 UTC · Discuss

Merry Christmas
The RNA World team wishes all of you a merry christmas!

Das RNA World Team wünscht euch allen frohe Weihnachten!

Michael.
25 Dec 2016, 12:32:39 UTC · Discuss

Server up and running again...
...as usual. Electricity circuits have been re-worked. Everything looks fine.

...wie üblich. Die Umstrukturierung der Stromversorgung ist erfolgreich abgeschlossen.

Michael.
31 Oct 2016, 16:48:43 UTC · Discuss

Upcoming Friday till Monday, 2016/10/28-31: Server down for maintenance
Due to a restructuring of our electricity supply circuits, the RNA World server will be offline from upcoming Friday until the following Monday (28th to 31st of October, 2016).

Wegen umfangreicheren Umstrukturierungsarbeiten an unserer Stromversorgung wird der RNA World Server von Freitag, den 28.10. bis Montag, den 31.10. vorübergehend abgeschaltet sein.

Michael.
26 Oct 2016, 8:32:39 UTC · Discuss

Short server outage relieved
Due to a change of a central switch, the RNA World server was unexpectedly offline from yesterday around 4 pm until this morning around 10:30 am. The problem is now resolved, databases have been checked successfully for data integrity and everything should now run normal again.
As usual, the problem was reported in the RNA World Forum, which is located on a different server such that information can be passed on to you even when the RNA World server is offline.

Wegen eines kurzfristigen Austausches eines zentralen Ethernet-Switches war der RNA World Server von gestern ca. 16:00 Uhr bis heute Morgen um ca. 10:30 Offline. Das Problem wurde inzwischen behoben, die Datenbanken geprüft und alles läuft wieder normal.
Das Problem wurde wie üblich in den RNA World Foren erörtert, die aus Sicherheitsgründen auf einem anderen Server lokalisiert sind und daher auch dann funktionieren, wenn der RNA World Server Offline ist.

Michael.
28 Jul 2016, 9:10:05 UTC · Discuss

Chemnitzer Linux-Tage 2016: Meet the RNA World Team
For those who like to visit the Chemnitzer Linux-Tage 2016 on19th or 20th of March: You may meet the RNA World team there at the Rechenkraft.net booth.

Am kommenden Wochenende (19. und 20.03.2016) wird das RNA World Team auf den Chemnitzer Linux-Tagen 2016 am Rechenkraft.net Stand anzutreffen sein.

Michael.
17 Mar 2016, 13:42:34 UTC · Discuss

Rechenkraft.net wins Google Impact Challenge 2016 - Thanks to our supporters!
Thanks to all our supporters, with your votes for our FabLab project, we have indeed won the 10,000 Euro price of the Google Impact Challenge 2016 in the category of local projects. That's just amazing!
Google has put online some photos of the price drawing event and here are our own photos.
An overview of all participating projects is shown here.
Again, thank you once again for all your support!
Michael.

Mit euren Unterstützerstimmen für unser FabLab-Projekt haben wir tatsächlich in der Kategorie lokale Projekte den 10.000 Euro Preis bei der Google Impact Challenge 2016 gewonnen!
Google hat ein paar Bilder der Preisverleihung Online gestellt und hier sind unsere eigenen.
Einen Überblick über alle teilgenommenen Projekte findet ihr hier.
Nochmals vielen Dank für eure unermüdliche Unterstützung!
Michael.
29 Feb 2016, 10:55:00 UTC · Discuss

Please vote for us today at Google Impact Challenge
Rechenkraft.net has applied to participate in the currently running Google Impact Challenge to acquire a donation (10,000,- €) for our FabLab project and we are in the finals now.
If you like to support us, please vote for us here and click on the lower right bar shown in green and confirm your vote by clicking on the subsequently displayed top left 'JA' button highlighted again in green.
Please note that the voting will end tonight at 23:59 (Berlin time, GMT+1 hour), so please share the voting URL as broadly as possible.
The background story is that we want to open up our rooms located in Marburg/Germany for people to put their ideas into practice (programming, electronics, wood working, etc.) by using our space and our tools - free of charge, of course, so it is an open hardware workshop (FabLab). For that, we need some additional equipment such as a 3D printer, a laser cutter, some tools to work with wood and metals plus a set of electronics prototyping platforms such as Raspberry Pi, Arduino, ORDOID C2, etc. and possibly even VR equipment such as the Oculus Rift or the like.
Of course we expect this FabLab to also make possible some long-planned developments for the RNA World laboratory.

Thanks for your support!
Michael.

Rechenkraft.net e.V. möchte in Marburg in unseren Vereinsräumen eine offene Werkstatt für Technikbegeisterte etablieren und hat sich dazu bei der Google Impact Challenge beworben, wo wir tatsächlich in die Endauswahl gekommen sind.
Nun entscheidet ein Online-Voting darüber, ob wir eine 10.000,- € Spende zur Umsetzung unseres FabLab-Projekts bekommen und ich möchte euch bitten, uns bis zum 24.2. (also heute, 23:59 Uhr Ortszeit) eure Stimme unter folgender URL zu geben:

https://goo.gl/3UuDh1

Natürlich freuen wir uns besonders auch über eine Verbreitung der URL auf Twitter, Facebook, usw.
Für Rückfragen und weitere Details über unser Vorhaben könnt ihr mir entweder eine Mail senden oder hier in unserem Vereinsforum nachschauen/posten:

https://www.rechenkraft.net/forum/viewtopic.php?p=160244#p160244

Unser Ziel ist die Anschaffung eines 3D Druckers, eines Laser-Cutters, einiger Werkzeuge für Holz- und Metallarbeiten, einiger Prototyping-Platformen (Raspberry Pi, Arduino, ODROID C2, usw.) und ggf. einer Oculus Rift als VR-Entwickungsumgebung.
Wir bitten euch vor allem deshalb auch hier um eure Unterstützung, da wir uns durch dieses FabLab-Projekt auch die Umsetzung einiger schon länger geplanter Projekte für das RNA World Labor erhoffen.

Wir würden uns sehr über eure Unterstützung freuen!
Michael.
24 Feb 2016, 9:41:31 UTC · Discuss

Vbox wrapper updated
Christian has updated RNA World's vbox wrapper such that you may now use the latest Virtual Box versions for all systems supported by our project.
In case you encounter trouble, please inform us in our discussion forum.

Christian hat den Vbox-Wrapper aktualisiert, so dass ihr nun auch die neusten Versionen von Virtual Box für alle von RNA World unterstützten Systeme einsetzen könnt.
Solltet ihr Probleme entdecken, meldet euch bitte in unserem Diskussionsforum.

Michael.
25 Jan 2016, 12:58:25 UTC · Discuss

Play EteRNA - An RNA game
As many things slow down a bit between christmas and new years day, I thought it might be a good idea to recommend to you a browser-based game dealing with RNA. In fact, it is more than a game. It is a citizen science gamification approach to learn about and to help design RNA molecules. Even more, the RNA you design could actually be synthesized in the lab to test its real-life properties. The game is called EteRNA and, if you are interested, you should just register at this URL and start playing: http://www.eternagame.org/web/

If you like, initilly check out this approx. 3 minutes video and/or read this brief overview.

I actually spent the past three days playing in a row and if you like, you may also discuss this game in this thread over at our Rechenkraft.net forum.

Do not hesitate to try it out - even if you do not have the slightest idea of what RNA actually is. You will understand things quickly once you walk through their tutorial. Promised.

For the future experts: You will soon figure out that loops may pose a problem. Professional overview is found here:

Internal loops: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/il/current
Hairpin loops: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/hl/current

Have fun!!!
Michael.

Da zwischen den Jahren viele Dinge etwas langsamer ablaufen und man etwas mehr Zeit hat als sonst, dachte ich mir, dass es eine gute Idee sein könnte, euch ein Browser-basiertes RNA Spiel zu empfehlen. Genau genommen ist es mehr als ein Spiel. Es ist eher ein Citizen Science Projekt, bei dem man spielerisch etwas über RNA lernen und beim Design von RNA-Molekülen helfen kann. Mehr noch, die von euch designten RNA Moleküle können sogar zur Synthese ausgewählt werden, um ihre Eigenschaften im Labor genau zu untersuchen. Das Spiel heisst EteRNA und wer Interesse hat, möge sich unter dieser URL registrieren und zu spielen beginnen: http://www.eternagame.org/web/

Wenn ihr möchtet, schaut auch zu Beginn dieses ca. 3 minütige Video an und/oder lest euch diese kurze Zusammenfassung durch.

Ich habe die letzten drei Tage mit Spielen verbracht und wenn ihr möchtet, könnt ihr dieses Spiel auch in diesem Themenbereich in unserem Rechenkraft.net Forum diskutieren.

Zögert bitte nicht, es auszuprobieren - auch wenn ihr vielleicht nicht die leiseste Ahnung habt, was RNA eigentlich ist. Ihr werdet es rasch verstehen, wenn ihr euch erstmal durch deren kurzes Tutorial gespielt habt. Versprochen!

Für unsere zukünftigen Experten: Ihr werdet bald merken, dass insbesondere Schleifenregionen Probleme aufwerfen. Professionelle Übersichten zu diesem Themenbereich findet ihr hier:

Interne Schleifen: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/il/current
Hairpins: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/hl/current

Viel Spass!!!
Michael.
29 Dec 2015, 13:24:59 UTC · Discuss

Merry christmas!
The RNA World team wishes all our contributers a merry christmas!

Das RNA World Team wünscht all unseren Unterstützern ein fröhliches Weihnachtsfest.

Michael
25 Dec 2015, 5:23:36 UTC · Discuss

Credits-granting in progress
As some of you might already have noticed: We have awarded credits from our manual WU inspection as announced earlier here on the main page. Some more WUs need inspection but the majority should now be completed.

Wie einige von euch wahrscheinlich schon bemerkt haben, wurden inzwischen etliche Credits für unsere manuellen WU-Überprüfungen vergeben. Ein wenig Arbeit liegt noch vor uns, aber die übewiegende Mehrheit sollte nun komplett sein.

Michael.
30 Oct 2015, 13:48:11 UTC · Discuss

Meet the RNA World Team at Maker Faire Berlin
This weekend, the RNA World team will be present at the exhibition booth of Rechenkraft.net e.V. on the Maker Faire in Berlin. If you like to meet us, you may just drop by at our booth any time between 10 am to 6 pm on 3rd or 4th of October. Here is a list what else can be seen.

Dieses Wochenende wird das RNA World Team am Ausstellungsstand von Rechenkraft.net e.V. auf der diesjährigen Maker Faire in Berlin sein. Wer uns treffen möchte, kann uns am 3. und 4. Oktober jederzeit zwischen 10-18 Uhr am Stand besuchen. Hier ist eine Übersicht, was es sonst noch so zu sehen gibt.

Michael.
1 Oct 2015, 12:13:34 UTC · Discuss

A first prototype of the results database
Just a brief information: Christian informed me that an initial prototype of the RNA World results database is now ready for internal testing.
As some of you might know, we were kind of overwhelmed by the tremendous amount of data that is being generated by this project (must be something around 8 TB by now - in compressed form, of course). So we figured that we would have to create a custom database design to efficiently cope with long-term data storage, straight forward data analysis and convenient web-access to the the data sets and the derived results.

Eine kurze Hintergrundinformation: Christian hat mich informiert, dass der erste Prototyp unserer RNA World Ergebnisdatenbank zu internen Testzwecken bereit steht.
Wie einige von euch wissen, sind wir von der schier ungeahnten Menge an generierten Datensätzen ziemlich überrascht worden (es müssen mittlerweile etwa 8 TB sein - in komprimierter Form, versteht sich). Wir sind deshalb zu dem Schluss gekommen, dass es unumgänglich ist, in Eigenarbeit eine speziell auf unsere Bedürfnisse zugeschnittene Datenabank zu erzeugen, damit die Langzeitspeicherung der Rohdaten, eine effiziente Datenanalyse und ein möglichst selbsterklärender Zugriff auf die Datensätze und Ergebnisse sichergestellt werden kann.

Michael.
10 Jul 2015, 12:27:11 UTC · Discuss

Manual WU inspection in progress
Besides implementing the virtual screening pipeline on the RNA World server, we are currently working on the inspection of the results of the very long running tasks you have returned to our server. This is quite time-consuming, because we have to do this manually as there is no BOINC-based automated way of validating the results of XXL WUs versus those of the more recently developed VM-based WUs. As a result of our progress, you may have noticed, that from time to time our server will hand out a few more of the challenging tasks. Of course, all of these will be of the VM-type so you do not have to worry about checkpointing and the missing of deadlines as these WUs auto-extend the deadlines as long as your machine is online from time to time and can contact our server to provide progress information.

Neben der Implementierung unserer "Virtual Screeening"-Pipeline auf dem RNA World Server, befassen wir uns derzeit mit der Validierung der Ergebnisse der von euch zurückgelieferten "Langläufer"-WUs. Dies ist insofern sehr zeitaufwändig, als wir dies nur durch manuelle Inspektion abarbeiten können, da es unter BOINC keine server-automatisierte Möglichkeit gibt, die Ergebnisse der älteren XXL-WUs mit denen der neueren VM-WUs abzugleichen. Als Resultat unserer Aktivitäten werdet ihr vermutlich bereits festgestellt haben, dass unser Server von Zeit zu Zeit erneut einige der aufwändigeren WUs ausliefert. Diese sind allesamt vom VM-Typ, sodass ihr euch keine Sorgen über fehlendes Checkpointing oder Abgabefristen zu machen braucht, da sich die Abgabefristen dieser WUs automatisch verlängern, solange eure Maschine von Zeit zu Zeit Kontakt mit unserem Server aufnehmen kann.

Michael.
19 Jun 2015, 10:34:27 UTC · Discuss

A virtual screening pipeline for RNA World
After quite some work, only a few day ago, I successfully finished the local experiments and the compilation of a proper process / protocol documentation aiming at setting up a virtual screening pipeline within the RNA World framework.
One of the next steps will be the incorporation of the required new applications into our BOINC server infrastructure.
Of course, besides aiming at examining RNA-binding proteins, I am also (and in fact primarily) interested in using RNAs as target structures to find molecular binders that enhance/interfere with RNA functions.

Nach einigen Vorarbeiten konnte ich vor ein paar Tagen die lokalen Experimente und die zugehörige Prozessdokumentation für das Aufsetzen einer "virtual screening"-Pipeline im Rahmen von RNA World abschliessen.
Als nächstes steht nun u.a. die Einbindung der erforderlichen neuen Applikationen in unsere BOINC-Serverinfrastruktur an.
Selbstverständlich interessiere ich mich neben der Untersuchung RNA-bindender Proteine auch (und eigentlich in erster Linie) dafür, RNAs als Zielstrukturen einzusetzen, um daran bindende Moleküle zu identifizieren, welche die jeweilige RNA in ihrer Funktion beeinträchtigen.

Michael.
7 May 2015, 11:52:42 UTC · Discuss

Power outage simulation on 25th of March 2015
Our server has successfully migrated to its final destination, the new RNA World laboratory (details will follow).
On 25th of March, presumably between 3-4 pm local time (GMT+1), a general power failure will be artificially caused in order to check whether all priority electrical systems will successfully switch to the emergency power infrastructure.
The RNA World server will be inaccessible during this short test period.

Unser Server wurde erfolgreich an seinen endgültigen Standort verfrachtet, das neue RNA World Labor (Details folgen).
Am 25 März wird voraussichtlich zwischen 15-16 Uhr lokaler Zeit (GMT+1), ein vollständiger Stromausfall simuliert, um zu prüfen, ob alle elektrischen Primärsysteme problemlos durch die Notstromversorgung am Laufen gehalten werden.
Der RNA World Server wird in dieser kurzen Zeitspanne vom Netz gehen.

Michael.
11 Mar 2015, 11:57:24 UTC · Discuss

Happy new year!
The RNA World team would like to wish all of you a happy new year! We hope, you had a nice christmas season and thanks a lot again for your continued support of our project.
After having solved a number of issues with the VM checkpointing approach, soon we plan to release new work units - just stay tuned.

Wir wünschen euch allen ein glückliches neues Jahr und hoffen, dass ihr ein schönes Weihnachtsfest verbringen konntet. Vielen Dank noch einmal für eure anhaltende Unterstützung dieses Projekts.
Nachdem noch einige Probleme mit unserem VM-Checkpointing-Ansatz gelöst werden konnten, planen wir demnächst wieder neue Aufgaben auszugeben.

Michael.
1 Jan 2015, 17:00:32 UTC · Discuss

Server migration on Sunday (09.11.2014)
I'm going to migrate RNA World to a new Server on Sunday (09. Nov). The transition will take around 5 hours and the project will be in maintenance mode the whole time. You don't have to change anything on your computers.

Am Sonntag (09. Nov) werde ich RNA World auf einen neuen Server migrieren. Der Wechsel wird circa 5 Stunden dauern und das Projekt wird die ganze Zeit im Wartungsmodus sein. Es sind sonst keine Änderungen auf euren Computern erforderlich.
6 Nov 2014, 18:14:00 UTC · Discuss

New regular-sized WUs available
After long rounds of testing of the VM checkpointing system, today we have finally released a new set of WUs. These complete one of our virus projects and are small to medium in size. Once this work bunch is completed we will move on to an overall update of the science apps which will be followed by a lot of new work.

Nach langem Testen des VM-Checkpointingsystems haben wir heute endlich einen neuen Satz an WUs verfügbar gemacht. Diese vervollständigen eines unserer Virenprojekte und umfassen kleine bis mittlere WU-Größen. Sobald dieser Arbeitssatz durchgerechnet ist, möchten wir die Science-Apps aktualisieren und werden danach eine ganze Menge neuer Arbeit haben.

Michael.
22 Jul 2014, 17:54:19 UTC · Discuss

RNA World team at Chemnitz Linux Days
Einige Mitglieder des RNA World Teams werden am kommenden Wochenende (15.-16.3.) auf den Chemnitzer Linux-Tagen sein. Es gibt einen Stand des Rechenkraft.net e.V. wo man das Team und andere Rechenkraft.net Mitglieder treffen kann.
Die "Chemnitzer Linux-Tage" ist eine Veranstaltung zum Thema Linux und OpenSource Software. Dort wird für jeden etwas geboten, Anfänger wie auch Fortgeschrittene.

Some people of the RNA World team will be on the Chemnitz Linux Days 2014 from 15.-16.3. in Chemnitz, Germany. Rechenkraft.net has a booth in the main hall where you can meet the team and other Rechenkraft.net people.
The "Chemnitz Linux Days" is a conference that deals with Linux and Open Source Software. It is open for everyone, novices and experts alike.
14 Mar 2014, 13:38:10 UTC · Discuss

please upgrade your BOINC installations to use VM application
Please upgrade your BOINC installations to 7.2.33 (recommended stable release at the moment) if you want to get work for the VirtualBox enabled application. Because of a bug in versions before 7.2.24 the BOINC Client would start several Virtual Machines without checking if enough RAM is available. The RNA World Server will only issue VM-tasks to version 7.2.24 or newer. For further assistance visit our website or the forum.

Wer Aufgaben für die VirtualBox Anwendung bekommen möchte muss auf die BOINC Version 7.2.33 aktualisieren (die empfohlene stabile Version im Moment). Wegen eines Fehlers in Versionen vor 7.2.24 wurden mehrere Virtuelle Maschinen gestartet ohne den verfügbaren Arbeitsspeicher zu überprüfen. Der RNA World Server wird VM-Aufgaben nur ab Version 7.2.24 oder neuer zuteilen. Bei weiteren Fragen bitte die Webseite oder das Forum besuchen.
20 Dec 2013, 14:48:36 UTC · Discuss

Latest VirtualBox version now possible
So far you had to specifically use version 4.2.16 of VirtualBox to ensure proper function of our novel checkpointing approach. Now you may use any of the later versions - the bug is no more relevant for us.

Bislang mußtet ihr stets Version 4.2.16 von VirtualBox installieren, damit es zu keinen Problemen mit unserem neuen Checkpointing-Ansatz kam. Ab sofort könnt ihr auch alle neueren Versionen verwenden. Der Fehler ist behoben.

Michael.
13 Nov 2013, 14:05:14 UTC · Discuss

Reported bugs under examination, partly resolved
Based on your bug reports we managed to identify and resolve a number of bugs in the virtual machine (VM) approach. A very limited set of WUs have been generated to examine the system behavior. It appears that some issues remain with the Linux version. We will keep you informed.

Basierend auf euren Berichten konnten wir eine Reihe von Fehlern in unserer Virtuellen Maschine (VM) identifizieren und beheben. Momentan zirkuliert ein sehr begrenzter Satz von neuen WUs, um zu prüfen, ob jetzt alles sauber läuft. Es sieht so aus, dass es unter Linux noch ein Problem gibt. Wir halten euch auf dem Laufenden.

Michael.
10 Nov 2013, 17:05:15 UTC · Discuss

new Applications using VirtualBox released
We just released new application versions for Windows, Mac and Linux of the cmsearch VM app that uses VirtualBox for checkpointing. Here is how you can participate:

if applicable, enable the AMD-v or VT-x capability of your CPU in your BIOS
install VirtualBox on your computer (4.2.16 is required, 4.2.18 or better are not working at the moment)
install BOINC 7.x (sometimes you have to reinstall after the VirtualBox installation)
select the cmsearch VM application on your RNA World preferences page
allow BOINC to use at least 2GB of hard disk space and 4GB of RAM on your global preferences page

Please visit our forum or comment on this news item if you have problems.

Deutsch/German:
Wir haben gerade neue Versionen der cmsearch VM Anwendung für Windows, Mac und Linux veröffentlicht, welche mittels VirtualBox als Checkpointingsystem für mehr Sicherheit sorgen. Und so kann man teilnehmen:

falls vorhanden, die AMD-v oder VT-x Fähigkeit der CPU im BIOS aktivieren
VirtualBox auf dem Computer installieren (4.2.16 wird benötigt, 4.2.18 oder besser funktionieren im Moment nicht)
BOINC 7.x installieren (manchmal muss auch erneut installiert werden nachdem VirtualBox installiert wurde)
die cmsearch VM Anwendung in den RNA World Einstellungen auswählen
in den Berechnungseinstellungen BOINC die Nutzung von mind. 2GB Festplattenplatz und 4GB RAM ermöglichen

Probleme können gerne in unserem Forum oder als Kommentar zu diesem Newseintrag gemeldet werden.
20 Oct 2013, 14:07:56 UTC · Discuss

Results section updated
Today I have taken some time to update the RNA World project results section - especially with respect to our initial three publications, although these three do not yet contain results of the RNA World computational efforts. We are also planning to make available several parts of our raw results, soon (open data-style).

Heute habe ich die RNA World Projektergebnisübersicht aktualisiert - insbesondere mit Hinblick auf unsere ersten drei Fachpublikationen, auch wenn diese noch keine RNA World Rechenergebnisse beinhalten. Wir haben desweiteren vor, schon bald eine Reihe unserer Rohdaten im Stil eines OpenData Ansatzes verfügbar zu machen.

Michael.
8 Oct 2013, 11:25:50 UTC · Discuss

Checkpointing coming up
Presumably next wednesday we will install the new checkpointing system. So please do not be surprised if there is a system outage. Old WUs should be preocessed as usual - so do not worry about your long-runners. If you like to use the checkpointing system, you will have to install VirtualBox. Of course, we will first send out WUs to the beta testers.

Kommenden Mittwoch werden wir voraussichtlich das neue Checkpointingsystem installieren. Es kann dadurch vorübergehend zu Serverausfällen kommen - also wundert euch nicht. Die alten WUs sollten ganz normal weiter prozessiert werden, also einfach laufen lassen. Um das neue Checkpointingsystem zukünftig nutzen zu können, muss lediglich VirtualBox installiert werden. Aber wir werden am Anfang natürlich erstmal nur die Betatester mit den neuen WUs bestücken.

Michael.
7 Sep 2013, 17:38:43 UTC · Discuss

3rd place in Thomas Krenn Open Source Contest
Hi guys - we did it. The RNA World team / Rechenkraft.net received the 3rd place in this year's Thomas Krenn Open Source Contest. This means, we will get server hardware worth 1000,- € in support of our project. It was a spontaneous application while we presented RNA World and Rechenkraft.net e.V. at the Berlin LinuxTag 2013 and therefore is worth double to us! Thanks to all participants.

Das RNA World Team / Rechenkraft.net hat den 3. Platz des diesjährigen Thomas Krenn Open Source Contests bekommen und wir erhalten somit Server Hardware im Wert von 1000,- €. Da dies eine ganz spontane Bewerbung auf dem Berliner LinuxTag 2013 war, bedeutet uns das Ergebnis umso mehr. Vielen Dank an alle Unterstützer!

Michael.
30 Aug 2013, 9:36:34 UTC · Discuss

LinuxTag 2013
First of all thanks to all the hard working participants and visitors at our booth at the Berlin LinuxTag 2013 - we had a great time. Spontaneously, the RNA World team paticipated at the Thomas Krenn Open Source Contest in order to acquire sophisticated server hardware. We will know how well we performed in a couple of weeks.
Moreover, during the 2nd RNA World Workshop / 1st Rechenkraft.net Hackathon which we put into practice as announced at the back space desk during the LinuxTag, we managed to achieve significant progress regarding RNA World's VM-based checkpointing and job submission interfaces.
Of course, we also took a couple of pictures which you can view here:

https://www.dropbox.com/sh/pix5w5se7ycfdk2/00h4utbYfH
https://www.dropbox.com/sh/bj2gq56imp3671j/5ITZiUqoAC

On top of that, our server administrator Yoyo presented a talk on BOINC's wrapper technology - you can find the slides here:

http://www.rechenkraft.net/wiki/images/c/c3/BoincYoYoWrapper.pdf

Vielen Dank an alle Helfer und Besucher unseres Standes auf dem Berliner LinuxTag 2013 - wir hatten eine Menge Spass und Erfolg bei unseree Präsentation. Das RNA World Projekt-Team nahm spontan an dem diesjährigen Thomas Krenn Open Source Contest teil, in der Hoffnung unsere Serverhardware weiter ergänzen zu können. In einigen Wochen werden wir wissen, ob wir unter den Auserwählten sind.
Desweiteren konnten wir im Rahmen des angekündigten 2. RNA World Workshops bzw. 1. Rechenkraft.net Hackathon nennenswerte Fortschritte im Hinblick auf ein VM basiertes Checkpointing und die Job Submission Interfaces von RNA World erarbeiten. Dazu nutzten wir die Arbeitsbank im hinteren Teil unseres Standes auf dem LinuxTag.
Ein paar Bilder von unserem Stand auf dem LinuxTag 2013 findet ihr hier:

https://www.dropbox.com/sh/pix5w5se7ycfdk2/00h4utbYfH
https://www.dropbox.com/sh/bj2gq56imp3671j/5ITZiUqoAC

Als krönenden Abschluss präsentierte unser RNA World Server Administrator Yoyo einen Vortrag über den praktischen Einsatz von BOINCs Wrapper Technologie - die PowerPoint-Folien findet ihr hier:

http://www.rechenkraft.net/wiki/images/c/c3/BoincYoYoWrapper.pdf

Michael.
21 Jun 2013, 10:09:42 UTC · Discuss

RNA World & Rechenkraft.net: LinuxTag 2013 in Berlin
This one is just in German, because there will barely be anybody who will join us at a conference in Berlin.

Ein fröhliches Hallo an alle Interessierten im Bereich "Distributed Computing",
der seit 2005 in Deutschland operierende gemeinnützige Verein Rechenkraft.net e.V. wird dieses Jahr einen Stand auf dem Berliner LinuxTag präsentieren und Du kannst daran teilhaben:

Termin & Ort:
22.-25. Mai 2013,
Messehalle 7.1c unter dem Berliner Funkturm, Berlin

Wir waren dieses Jahr bereits auf den Chemnitzer Linux-Tagen vertreten und hatten dort eine Menge Spass und positive Rückmeldungen für unsere Distributed Computing Leidenschaft erhalten. Als man uns dann auch noch seitens des Berliner LinuxTags angesprochen hatte, ob wir nicht auch in Berlin teilnehmen möchten, haben wir spontan zugesagt. Die Planungen haben nun das Endstadium erreicht und deshalb senden wir euch heute diese Informationen.

Offizielle Infos im Web zum Berliner LinuxTag 2013:
http://www.linuxtag.org/2013/

Wir werden an unserem Stand neben allerlei Distrbuted Computing Projekten, die wir per Beamer auf eine Leinwand projizierend erklären werden, dieses Jahr vor allem die beiden Projekte Quake Catecher Network und (QCN) Radioactive@home (RAH) vorstellen. Und zwar selbstversändlich mit komplettem Sensoren-Satz, sodass man am Stand live sehen kann, wie diese Projekte arbeiten. Worum geht es dabei überhaupt? QCN ist ein weltweites Sensornetzwerk für Erdbeben und RAH mißt in einem weltweiten Netzwerk die Gammahintergrundstrahlung.
Zusätzlich werden wir am Stand allerlei ARM-basierte Hardware haben, da wir uns aktuell mit der Portierung von DC-Projekten auf den Smartphonebereich befassen.

Planung & Diskussionsforum für den Berliner LinuxTag auf Rechenkraft.net:
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=12&t=12761

Wer bei uns am Stand mitarbeiten will, der trägt sich einfach für den gewünschten Termin in unserem unten stehenden Organisationsplan (Doodle) ein. Natürlich erhalten alle Helfer freien Zutritt zur Messe. Bei uns läuft das üblicherweise sehr locker ab, sodass eigentlich jeder, der ein wenig von Distributed Computing versteht, dabei sein kann. Und keine Sorge, Du wirst nicht alleine dort stehen: 8 Leute haben schon verbindlich zugesagt. Ich selbst bin natürlich auch da.

Doodle-Umfrage zur Planung unsere Standbesetzung:
http://www.doodle.com/x9edtedn35tw5hp5

Natürlich müssen wir ein bischen planen, wer was mitbringt. Und das passiert in folgedenm Forenbereich.

Wer bringt was mit zum LinuxTag:
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=12&t=12830

Da wir dieses Jahr am Stand parallel zur regulären Präsentation diverser Distributed Computing Projekte das erste Rechenkraft.net Hackathon bzw. (je nach Ausgestaltung) den 2. RNA World Workshop durchführen möchten, sammeln wir in folgendem Forenbereich Ideen für das anzugehende Programmierprojekt.

Ideen für das Projekt des 1. Rechenkraft.net Hackathon / 2. RNA World Workshops:
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=76&t=12829

Wir hoffen, zahlreiche Interessierte und Unterstützung unter bzw. durch euch zu finden!
Da wir bei den Veranstaltern SCHNELLSTMÖGLICH die Mitarbeiternamen angeben müssen, bitten wir euch dringend, euch möglichst heute noch im oben verlinkten Doodle einzutragen, wenn ihr uns beistehen möchtet.Wie gesagt: Man muss nicht jeden Tag teilnehmen, es ist also auch möglich, NUR am Samstag oder so zu kommen.

Beste Grüße,
Michael.
- - - - -
Dr. Michael Weber
Vorstandsvorsitzender
Rechenkraft.net e.V. - Verein zur Förderung von Bildung, Forschung & Wissenschaft durch Einsatz vernetzter Computer
Chemnitzer Str. 33
D-35039 Marburg
Germany

Web: http://www.rechenkraft.net
Mail: kontakt ät Rechenkraft.net

Unsere Distributed Computing Projekte:
RNA World: http://www.rnaworld.de
Yoyo@home: http://www.rechenkraft.net/yoyo/

.
EDIT :
.
Nochmal: Wenn jemand von euch Lust hat, bei uns am Stand dabei zu helfen, anderen das Thema DC schmackhaft zu machen, dann tragt euch im Doodle ein. Wir werden dem Betreffenden ein 4-Tagesticket besorgen. Dasselbe gilt für Leute, die am Stand beim RKN Hackathon teilnehmen wollen. Wir planen, für alle aktiven im Doodle registrierten Teilnehmer in Berlin eine gemeinsame FeWo zu mieten. RKN wird dort höchstwahrscheinlich finanzierend einspringen. Also ran an die Bouletten!
15 May 2013, 10:06:47 UTC · Discuss

ARM developer hardware
Thanks to JagDoc the RNA World team has received an ODROID-U2 developer board plus some additional equipment which will now allow us to port RNA World code to ARM systems.

Vielen Dank an JacDoc für die grosszüggige Bereitstellung eines ODROID-U2 Entwicklerboards inkl. einiger zusätzlicher Hardware zwecks Portierung von RNA World Code auf ARM Systeme.

Michael.
22 Mar 2013, 11:36:45 UTC · Discuss

Moved XXL workunits (< 72h) to S
Since we are running out of S (short) workunits I moved some shorter XXL workunits to S workunits. This means, that S workunits run now up to 3 days.
yoyo
1 Jan 2013, 19:37:16 UTC · Discuss

version 0.32 for cmsearch
The new version for cmsearch XXL and S for Windows32 and Windows64 has the following new feature:
- disabled heartbeat to avoid missing heartbeat errors
- writes not every time, that check pointing isn't working on Windows. Instead this is written only once.

yoyo
1 Jan 2013, 19:03:05 UTC · Discuss

Moved XXL workunits to S
Since we are running out of S (short) workunits I moved some shorter XXL workunits to S workunits. This means, that S workunits run now up to 2 days.
yoyo
20 Dec 2012, 16:38:46 UTC · Discuss

Only few small WUs available
We are currently running a bit short on small WUs. Soon, new WUs of this type will be generated.

Die Zahl der im System verbliebenen kurzen WUs ist momentan gering, aber wir werden bald neue einstellen.

Michael.
5 Oct 2012, 8:44:39 UTC · Discuss

Back online
The server is back online. The disc was replaced and the raid syncs now.
21 Sep 2012, 21:59:40 UTC · Discuss

Short outage for disc replacement
A disc of our server raid finished the cooperation and is no more working. For replacement the server must be switched off. We hope that this will be a short outage.

- yoyo -
21 Sep 2012, 18:13:01 UTC · Discuss

New work available
We have again added several new work unit archives to the server - all with short runtimes and pseudo-checkpointing (i.e. these WUs contain multiple small genomes to be checked for ncRNAs in a single file).

Es sind wieder etliche neue Arbeitspakete mit vergleichsweise kurzen Laufzeiten auf dem Server verfügbar.

Michael.
8 Aug 2012, 8:01:05 UTC · Discuss

small workunits
The wu-generator is running and creates now also cmsearch S (short running) workunits. If you were waiting for them, now it is time to fetch them.
yoyo
23 Jun 2012, 6:49:51 UTC · Discuss

1. RNA World Workshop successful
Now that the 1st RNA World Workshop is over, I thought it might be nice to drop a brief note on what we have achieved. In short, enjoying a wonderful relaxing work environment, we managed to install Linux on the BeagleBoard-xM which harbors an ARM Cortex-A8 CPU and we successfully compiled and tested the RNA World science applications on that system. Moreover, we now also have a client for the ARM Cortex-A9 CPU which is found in some of the latest tablet and smartphone hardware. The test results obtained so far are encouraging us to further follow up the idea of making RNA World universally available on ARM-based hardware.

Nachdem nun der 1. RNA World Workshop vorüber ist, möchte ich hier kurz ein paar Zeilen zu den erreichten Ergebnissen präsentieren. Es ist uns in einer wunderbar entspannten Arbeitsumgebung gelungen, Linux auf dem BeagleBoard-xM zu installieren. Dieser Einplatinencomputer enthält einen ARM Cortex-A8 Prozessor, für den es uns gelang, die RNA World Quellcodes zu kompilieren und erste Tests mit den resultierenden Binaries durchzuführen. Auch für den ARM Cortex-A9, den man in neuerer Tablet- und Smartphone-Hardware findet, konnten wir einen Client erzeugen. Die bisherigen Testergebnisse sind ermutigend genug, um die Idee weiterzuverfolgen RNA World auf ARM-basierter Hardware verfügbar zu machen.
23 May 2012, 7:42:14 UTC · Discuss

1. RNA World Workshop in Wieda (Harz/Germany)
Vom 17. bis zum 20. Mai findet in Wieda im Harz der 1. RNA World Workshop statt. Hintergrund des Ganzen ist unser Bestreben, möglichst viele Projektinteressierte so aktiv wie möglich in RNA World einzubinden. Wir möchten deshalb dieses Jahr die Gelegenheit nutzen, RNA World Interessierte zum 1. RNA World Workshop im Rahmen des seit Jahren stattfindenden teamübergreifenden BOINC Treffens zusammenzubringen. Dieses Jahr wollen wir unter anderem gemeinsam probieren, ob wir ARM-basierte Systeme für RNA World nutzbar machen können. Alles weitere kann im Forum besprochen werden.
Interessenten laden sich bitte das Anmeldeformular mit weiteren Informationen herunter.

The 1st RNA World Workshop will be held from 17th-20th May in Wieda (Harz/Gemany). The idea behind this workshop is our aim to integrate as many RNA World-interested people as possible in a more active manner. For this reason, this year we would like to take advantage of the opportunity to bring RNA World-interested people together at the 1. RNA World Workshop which will be held together with the team-independent BOINC Meeting which takes place in Germany since many years. In this year's RNA World workshop, we would like to see whether we can get ARM-based machines to run with RNA World. Further details can be discussed in the RNA World forum.
People interested in participation may download the registration form with further information (e.g. on accomodation, etc.). For our foreign supporters we are aware that this announcement comes on short notice, but this year we would just like to first take a look at how much interest there is for such a gathering before we go ahead with plannings for an internationally suitable meeting.
Michael.
23 Apr 2012, 8:57:24 UTC · Discuss

Results, presentations, publications summary section updated
We just updated our results, presentations and publications section on the project website to give a more complete overview of the project achievements so far.

Wir haben heute den Projektwebseitenbereich Ergebnisse, Präsentationen und Publikationen aktualisiert, um das bisher Erreichte vollständiger zu dokumentieren.

Michael.
13 Apr 2012, 18:04:15 UTC · Discuss

RNA World at the 2nd Heidelberg Forum for Young Life Scientists
The 2nd Citizen Cyberscience Summit in London is barely over while I am almost on the road again to head for the next RNA World project presentation - this time at the 2nd Heidelberg Forum for Young Life Scientists which takes place from 23rd to 24th of February in Heidelberg/Germany. I think it is worth to note that besides the RNA World presentation, Rechenkraft.net e.V. will additionally show up with their own booth to celebrate its premiere as an official sponsor of a scientific event.

Der zweite Citizen Cyberscience Kongress in London ist kaum vorüber, da befinde ich mich auch schon auf dem Weg zur nächsten RNA World Projektpräsentation - diesmal vom 23.-24. Februar in Heidelberg auf dem 2nd Heidelberg Forum for Young Life Scientists. Bei der Gelegenheit wird Rechenkraft.net e.V. übrigens zusätzlich zur RNA World Präsentation mit einem eigenen Stand sein Debüt als offizieller Sponsor einer wissenschaftlichen Veranstaltung feiern.

Michael.
22 Feb 2012, 10:23:48 UTC · Discuss

RNA World at the 2nd Citizen Cyberscience Summit in London
Tomorrow I will present a talk on the RNA World Project at the 2nd Citizen Cyberscience Summit in London. The focus will be on a novel type of user participation system which I term the 'RNA World Advanced User Participation Kit'. More details will follow soon. ;-)

Morgen werde ich das RNA World Projekt auf dem 2nd Citizen Cyberscience Summit in London präsentieren. Im Fokus wird ein neues System zu erweiterten Beteiligungsmöglichkeiten unserer Unterstützer am RNA World Projekt stehen. Einzelheiten werden bald bekannt gegeben. ;-)

Michael.
16 Feb 2012, 13:04:49 UTC · Discuss

Thanks to the charity race participants
Now that the 2012 charity race is over we would like to thank all the participants for crunching away an amazing pile of work units! You guys are just terrific! ;-)

Michael.
3 Feb 2012, 12:08:40 UTC · Discuss

Small WU archives up and running as announced
The test runs were completed successfully and the server has been charged with a number of additional small WU archives as announced before. Enjoy! And thanks for your great support! ;-)

Michael.
16 Jan 2012, 8:26:02 UTC · Discuss

Additional WUs for the charity race...
...are in preparation. We hope to have these ready for delivery during this weekend. A lot of small WUs should be there as well to complement the remaining long runners.

Michael.
14 Jan 2012, 0:27:42 UTC · Discuss

Merry christmas and a happy new year
The RNA World team wishes a merry christmas and a happy new year to all of our volunteers. Thank you very much for all your valuable contributions.

Michael.
23 Dec 2011, 7:47:42 UTC · Discuss

Thanks to Ton for generous hardware donation
The RNA World team would like to thank Ton van Born for the generous donation of valuable server hardware. Among the three donated machines is a dual Opteron board equipped with two Dual-Core AMD Opteron processors (Opteron 2218 @ 2.6GHz), 32 GB of RAM, 8 TB HDs in a RAID6 array, 2x GigaBit network adapters and a dual power supply. This equipment will certainly help us to overcome a number of performance issues we experienced in the past. Thanks a lot Ton!

Das RNA World Team möchte sich ganz herzlich bei Ton van Born für die grosszügige Spende wertvoller Hardware bedanken. Unter den drei gespendeten Maschinen befindet sich auch ein Dual-Opteron-Board ausgestattet mit zwei Dual-Core AMD Opteron Prozessoren (Opteron 2218 @ 2.6GHz), 32 GB RAM, 8 TB Festplatten in einem RAID6-Array, 2x GigaBit Netzwerkadaptern und zwei Netzteilen zur Eröhung der Ausfallsicherheit. Diese Hardware wird uns sehr nützlich sein, einige der Leistungsengpässe der Vergangenheit in den Griff zu bekommen. Vielen Dank, Ton!

Michael.
28 Nov 2011, 22:36:25 UTC · Discuss

Thanks a lot for your support in the voting competition
The voting is over and we would like to thank all participants who supported our organization. Unfortunately, we did not make it among the top 1000 in Germany as the final result is 6.459 votings, rank 1.216. But that's how it sometimes goes. ;-)

Vielen Dank an alle Unterstützer, die für uns ihre Stimme in die Waagschale geworfen haben. Der Endstand ist 6.459 Stimmen, Platz 1.216, d.h. wir haben es trotz aller Bemühungen leider nicht unter die ersten 1000 Vereine geschafft. Vielleicht beim nächsten Mal... ;-)

Michael.
20 Nov 2011, 2:02:05 UTC · Discuss

Internet voting to support RNA World
Liebe RNA World Unterstützer,
wie ihr ja wisst, wird RNA World von Rechenkraft.net e.V. unterstützt. Derzeit haben wir die einmalige Gelegenheit eine zweckungebundene Spende von 1.000€ zu erhalten. Doch dafür braucht es ein wenig Hilfe.

Eine bekannte deutsche Bank hat eine Aktion gestartet, an dessen Ende die Bank 1.000€ an die ersten 1.000 gemeinnützigen Vereine spendet, die die meisten Stimmen bekommen haben.

Mit deiner Stimme kann es Rechenkraft.net e.V. unter eben diese 1.000 Vereine schaffen. Somit könnte auch das RNA World Serverhosting unterstützt werden.

Du brauchst lediglich auf dem unten genannten Link deine E-Mail-Adresse angeben und in der dann erhaltenen E-Mail auf den Bestätigungslink klicken. Pro E-Mail-Adresse sind drei Stimmen möglich, die auch alle an den gleichen Verein gehen können.

https://verein.ing-diba.de/sonstiges/35039/rechenkraftnet-ev

Es wäre schön, wenn ihr uns unterstützen könntet.

Dear RNA World supporters,
as you know RNA World is supported by Rechenkraft.net e.V. At present, the German non-profit society Rechenkraft.net e.V. has the unique opportunity to receive a donation of €1.000. For this purpose, your help would be appreciated.

A well-known German bank as launched a campain, where 1.000 non-profit societies can win a single donation of €1.000 each. The criterion to receive the price is to rank among the top 1000 non-profit societies, so the total number of votes collected from the internet users is of importance.

With your vote Rechenkraft.net e.V. might be able to rank among the first 1.000 societies which would help to fund the RNA World server hosting.

The only thing you need to do is to register yourself with one of your email addresses on the website linked below. By clicking on the confirmation link subsequently sent by email by the bank to you, you confirm your vote. That's all. There are three votes allowed per email address of which all three can go to the same society.

https://verein.ing-diba.de/sonstiges/35039/rechenkraftnet-ev

We would be happy if you would consider supporting us in this campaign.

Best wishes,
Michael.
2 Nov 2011, 17:52:14 UTC · Discuss

WU generator transiently halted
Unfortunately, we have only little workspace left on the server hard drives such that we needed to halt the WU generator once again. Presumably, the problem will be resolved sometime tomorrow evening. At present, we cannot afford increasing our HD capacities due to lack of funding.

Wir mussten wegen Plattenplatzmangel erneut den WU-Generator anhalten. Das Problem sollte aber voraussichtlich im Laufe des morgigen Abends wieder behoben sein. Leider können wir aus Finanzierungsgründen momentan nicht dafür sorgen, dass der Server mit mehr Speicherkapazitäten ausgestattet wird.

Michael.
14 Sep 2011, 18:44:50 UTC · Discuss

WU shortage issue resolved
Due to critical space limitations on the server HDs caused by the massive results inflow, we transiently had to halt the work generator and assimilator. This issue has now been resolved such that WU generation will resume shortly.

Wegen des hohen Aufkommens angelieferter Ergebnisarchive hatten wir vorübergehend ein Speicherplatzproblem auf den Serverfestplatten, so dass wir den WU-Generator und -Assimilator anhalten mussten. Dieses Problem ist nun behoben, sodass die WU-Generierung in Kürze wieder durchstarten wird.

Michael.
7 Sep 2011, 16:35:21 UTC · Discuss

Annual server costs
Please help us to cover our annual server costs by donating on our donation page which can be found here:
http://www.rnaworld.de/rnaworld//donations.php

Bitte helft uns, unsere jährlichen Serverkosten zu decken, indem ihr falls möglich auf folgender Webseite eine kleine Spende für das Projekt leistet.
http://www.rnaworld.de/rnaworld//donations.php

In der BRD sind diese Spenden steuerbegünstigt, d.h. wir dürfen euch als gemeinnütziger Verein eine Spendenquittung auststellen.

Michael.
1 Jul 2011, 16:04:30 UTC · Discuss

Database crash resolved
You might have noticed a recent problem with our server. We have fixed it.
Now we are in the process of moving on to a whole new bunch of projects as announced earlier.

Die kürzlich aufgetretenen Probleme mit dem Server konnten behoben werden und wir sind nun dabei, auf die bereits angekündigten neuen Projekte umzustellen.

Michael.
31 May 2011, 16:50:50 UTC · Discuss

New projects coming up
First of all, we wish all our participants a happy Easter season. ;-)

While we are in the middle of full transition to the earlier announced specialized CMSEARCH S and XXL applications, a set of very interesting new projects is being prepared for which we did a number of promising tests in advance. Among these are projects that deal with (1) RNA-based thermosensors (extension of a project which we performed around February/March 2010), (2) the identification of non-coding RNAs in metagenomic data sets (i.e., environmental nucleic acid samples, e.g. from seawater or hydrothermal vents) and (3) a very important project of potential medical relevance that aims at analyzing RNA-based mechanisms by which viruses perturb regulatory processes of their target cells. More information will follow soon.

Zunächst einmal wünschen wir all unseren Unterstützern ein fröhliches Osterfest. ;-)

Während wir mitten in der Umstellung auf die beiden neuen, spezialisierten CMSEARCH S und XXL Applikationen sind, bereiten wir eine Serie sehr interessanter, neuer Projekte vor, für die wir bereits im Vorfeld eine Reihe vielversprechender Tests durchgeführt haben. Im Rahmen dieser Projekte befassen wir uns (1) mit RNA-basierten Thermosensoren (Erweiterung eines Projekts, das wir bereits im Februar/März 2010 durchgeführt hatten), (2) der Identifizierung nicht-kodierender RNAs in Metagenomdatensätzen (das sind der Umwelt entnommene Nukleinsäureproben, z.B. aus Meerwasser oder Thermalquellen) und (3) einem sehr wichtigen Projekt mit potentiell medizinischer Relevanz, das darauf abzielt, RNA-basierte Mechanismen zu untersuchen, die von Viren eingesetzt werden, um regulatorische Prozesse ihrer Zielzellen nach Belieben umzuprogrammieren. Nähere Informationen werden bald folgen.

Michael.
23 Apr 2011, 1:26:45 UTC · Discuss

Long running Intron WUs removed
Today we have removed the remaining 10 very long running Intron_gpI WUs from the system to accelerate the transition to a split CMSEARCH application as described earlier. Do not worry, credits have been granted to all of these that were cancelled. In fact, the granted credits were double the claimed credits. We will re-deliver these WUs at a later time to a subset of users once the transition is complete.

Wir haben heute die verbliebenen 10 sehr lang laufenden Intron_gpI WUs aus dem System herausgenommen, um den Übergang zu unserem neuen Ansatz mit zwei CMSEARCH Varianten zu beschleunigen. Keine Sorge, die Credits für alle von uns abgebrochenen WUs wurden an euch vergeben und zwar so, dass die angeforderten Credits sogar verdoppelt wurden. Wir werden diese WUs zu einem späteren Zeitpunkt an geeignete User neu ausgeben, um unsere Ergebnisse zu komplettieren.

Michael.
7 Apr 2011, 22:16:24 UTC · Discuss

Reorganization of the CMSEARCH application
We are currently working on reorganizing the CMSEARCH application into two variants of which one will run a combined package of many very small WUs while the other runs the rest (the default CMSEARCH) WUs. With this we intend to achieve three goals. First, the combination of many tiny WUs into one package tremendously reduces the client-server communication load: a big relieve for our server which will make it significantly more stable even during team challenges and races. Second, the packaged WUs will write a checkpoint after each completed sub-WU. Third, because the users will be allowed to opt in or out for each of these two CMSEARCH variants there will be much more flexibility at the user's end to control maximum CMSEARCH runtimes.

Momentan arbeiten wir daran, die CMSEARCH Anwendung in zwei neue Varianten umzuorganisieren. Eine davon wird viele sehr kleine WUs in einem größeren Paket zur Verfügung stellen, während die andere die verbleibenden WUs enthalten wird. Damit wollen wir drei Ziele erreichen. Erstens wird die Kombination vieler kleiner WUs in einem Paket die Client-Server-Kommunikation dramatisch reduzieren und damit generell unseren Server entlasten und diesen insbesondere während Wettbewerben stabilisieren. Zweitens wird nach Abarbeitung jeder der kleinen WUs innerhalb eines Pakets ein Checkpoint geschrieben. Drittens können die Projektteilnehmer die beiden CMSEARCH-Varianten in ihren RNA World Projekteinstellungen individuell aktivieren oder abschalten. Auf diese Weise geben wir mehr Freiraum zur Auswahl der maximal zulässigen WU-Laufzeit. Anvisiert ist im Moment, dass die CMSEARCH XXL-Variante alles an WUs mit Laufzeiten länger als 20 Stunden bedienen wird, während alle kürzeren WUs mit der CMSEARCH S Applikation bearbeitet werden. Genauere Details werden wir noch mitteilen.

Michael.
14 Mar 2011, 21:48:03 UTC · Discuss

Race Voting
There is a Charity Race Voting ongoing. Would be nice to get more votings for RNA World.
14 Jan 2011, 17:03:14 UTC · Discuss

Happy New Year!
We wish a healthy, happy and successful new year to all our participants.

Michael.
2 Jan 2011, 17:40:39 UTC · Discuss

Merry Christmas
The RNA World team likes to wish a merry christmas to all of our volunteers. Thank you very much for all your valuable contributions and please have a nice couple of hopefully very relaxing days.

Michael.
24 Dec 2010, 21:57:12 UTC · Discuss

Bonus credits for monster wus
We now give up to twice as much credit for work units that run very long. To be concrete, for work units which would get more than 2200 credits in conventional calculation.

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Wir geben jetzt bis zu doppelt soviel Credits für workunits die sehr lange laufen. Um konkret zu sein, für workunits, die mehr als 2200 credits nach herkömmlicher Berechnung ergeben würden.

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yoyo
14 Nov 2010, 11:43:09 UTC · Discuss

Mac OS X 10.4 and 10.5 testers wanted (64 bit CPUs)
We are currently looking for some volunteers that can help us testing improvements of our RNA World Mac OS X 10.4 and 10.5 applications. If you have a system with an Intel 64-bit CPU, know how to use the terminal and are ready to help us in improving our clients, please contact us.
Wir suchen momentan ein paar Freiwillige, die uns beim Testen unserer verbesserten Clientversionen für Mac OS X 10.4 and 10.5 helfen möchten. Wer ein System mit einer 64-Bit Intel CPU hat, in der Lage ist auch über das Terminal Befehle einzugeben und uns helfen möchte, möge uns bitte kontaktieren.

Michael.
31 Oct 2010, 18:16:08 UTC · Discuss

OSX client released
Those of you who have a MAC might want to try our new OSX client. In case you observe any unexpected problems, please report these in our forum.

Wir haben seit heute OSX-Unterstützung im Programm. Wer möchte, kann ja seinen Mac mal auf RNA World ansetzen. Sollte es unerwarteter Weise Probleme geben, bitte berichtet diese in unserem Forum.

Michael.
14 Oct 2010, 20:00:07 UTC · Discuss

Neue Binaries für Linux
Auch die Linux x32/64 Binaries für CMSEARCH sind inzwischen durch verbesserte, neue ersetzt worden. In einigen Tagen werden wir ein weiteres Mal die Binaries tauschen, um eine weitere ca. 10%ige Geschwindigkeitsverbesserung nutzbar zu machen, die wir durch Einsatz des Intel C++ Compilers herauskitzeln konnten (auch AMD CPUs werden genau wie Intel CPUs von diesen Verbesserungen profitieren).

Michael.
10 Oct 2010, 19:09:47 UTC · Discuss

New binaries for Linux
In the meantime we have also replaced the Linux CMSEARCH x32/64 binaries. In a few days, we intend to again change all binaries to add another approx. 10% performance improvement by usage of the Intel C++ Compiler (yes, AMD CPUs will profit the same way as Intel CPUs do).

Michael.
9 Oct 2010, 16:33:44 UTC · Discuss

New binaries for Windows machines
As of today, new binaries for CMSEARCH have been released for Windows 32/64 bit systems. These should solve a bug which was identified with a very demanding subset of WUs. Our tests have shown that this bug should no longer occur. New binaries for Linux machines will be released soon as well. We are currently testing some additional speed improvements for Linux using the Intel compiler.

Seit heute gibt es neue CMSEARCH Binaries für Windows 32/64-Bit Maschinen, die einen Fehler beheben, der bei einigen sehr anspruchsvollen WUs auftrat. Unsere Tests zeigen, dass dieser Fehler nun nicht mehr vorkommt. Auch für Linux werden wir schon sehr bald neue Binaries anbieten können. Hier testen wir gerade noch die Möglichkeit einer zusätzlichen Geschwindigkeitsverbesserung durch Nutzung eines Intel-Compilers.

Michael.
7 Oct 2010, 21:19:37 UTC · Discuss

RNA World conference presentation
After the RNA World project presentation at the RNA 2010 conference in June in Seattle/USA and a seminar talk given at the Massachusetts Institute of Technology in Cambridge/USA on 9th of September, the RNA World project team currently presents the RNA World distributed supercomputer project outline and some of the acquired results at the 126th conference of the Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte e. V. (GDNÄ) in Dresden/Germany (Twitter tweets).

Nach der Präsentation des RNA World Projekts im Juni auf der RNA 2010 Konferenz in Seattle/USA und einem Seminarvortrag am Massachusetts Institute of Technology in Cambridge/USA am 9. September, präsentiert das RNA World Projektteam das RNA World Supercomputerkonzept und einige wissenschaftliche Ergebnisse aktuell auf der 126.Versammlung der Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte e. V. (GDNÄ) in Dresden/BRD (Twitter tweets).

Michael.
19 Sep 2010, 0:15:34 UTC · Discuss

WU reload
As a consequence of the recently experienced WU shortage we have spent the past week processing much more work. A series of CMC WU archives has been uploaded to the server and is currently pouring into the hooked-up Linux-x64 machines (Windows will be served with CMC thereafter). Due to the longer runtimes, these WUs should in the first place keep the Linux-x64 boxes busy for a while. In parallel to that, we have decided to again close in on the large eukaryotic genomes (but this time limited to 5-50 MB in size if uncompressed to avoid RAM issues on your machines). Therefore, a large set of CMSEARCH WUs containing these genomes has now been deposited on the server as well and will be delivered to the remaining systems. We expect these to also cause extended runtimes. These two procedures should help reduce your client machine's WU requests and give our server some time to generate progressingly more work for you. Of course, additionally we have significantly increased the number of WUs the server will have to have ready in store for future requests. During this attempt of refilling our machine, it would be helpful if you guys could try not to bunker work, so that all machines can be saturated for a while with 'long runners'. We are considering hooking up additional servers to RNA World as soon as possible to increase our capacity of WU preparation. Irrespective of the trouble caused due to the massive WU requests from your side over the past two weeks, I would like to thank you for your massive support which allowed for the completion of a really amazing amount of work in a very short period of time.

Angesichts der Tatsache, dass unser Server mit der WU Produktion trotz ausreichender Arbeitsarchive nicht mehr nachkam, haben wir die letzte Woche damit verbracht, Lösungen für das Problem zu finden. Es wurden massiv neue Archive für CMC und CMS erzeugt und auf dem Server bereitgestellt. Die Laufzeiten dieser Archive sind länger, als was wir bislang im Angebot hatten. Zuerst werden CMCs an Linux-x64 ausgegeben, um diesen Typ von Maschinen abzusättigen (Windows wird danach bedient). Parallel dazu werden wir einen zweiten CMSEARCH Versuch starten, die grossen Eukaryonten Genome zu bearbeiten. Diesmal haben wir die Genomgrößen allerdings auf 5-50 MB (unkomprimiert) limitiert, um nicht erneut auf euren Maschinen einen radikalen RAM-Mangel hervorzurufen. Damit sollten jetzt die Laufzeiten, der ab sofort ausgegebenen WUs erst einmal merklich ansteigen, was unserem Server Zeit verschafft, ausreichend Arbeit nachzuproduzieren. Wir haben zudem die Zahl der vorzuhaltendern WUs dramatisch hochgesetzt (bislang hatten wir dort 150k eingestellt, was für 2,5 TFLOPS Peakleistung ausreichend war; anvisiert sind nun über eine Million unter die der Server dann nach einmaligem Erreichen nie mehr kommen darf). Es wäre sehr hilfreich, wenn ihr das Bunkern von Arbeit in dieser WU Auffüllphase vermeiden könntet. Je breiter lang laufende WUs verteilt werden, desto eher kommt der Server wieder auf die Beine und desto kontinuierlicher werdet ihr mit Arbeit beliefert. Wir bemühen uns übrigens, baldmöglichst RNA World mit weiteren Servern ergänzen zu können, damit in Zukunft kein WU-Mangel mehr auftritt und solche Rennen ohne Probleme auch unangekündigt stattfinden können. Trotz der Probleme, die wir diesmal mit dem Nachproduzieren von WUs hatten, möchte ich an dieser Stelle die Gelegenheit nicht auslassen, euch für die massive Unterstützung zu danken. Was ihr da in den letzten Tagen an Aufgaben 'weggeknackt' habt, ist mehr als beeindruckend.

Michael.
10 Sep 2010, 19:19:54 UTC · Discuss

WU shortage
Due to an excellent, but unfortunately unannounced race with tremendous throughput (increase of compute power from approx. 2.5 TFLOPS to above 4.5 TFLOPS within only two days), our WU buffer has been sucked dry. Although we have more than enough work for even more participants, RNA World WU production is computationally expensive (for each WU that can be delivered, a mini simulation has to be carried out on the server), so our server currently can't keep up with the demand. Whatever is produced is downloaded almost instantly. On top of that the current WUs appear rather short (WU runtimes can not be deduced without the results from the mini simulations). We now try to feed in some longer running tasks over the weekend but still it may take quite some time to refill the buffers although the server works on refilling constantly.

Aufgrund eines hervorragenden, aber leider unangekündigten Rennens, bei dem die Rechenleistung von RNA World von 2,5 TFLOPS innerhalb von nur zwei Tagen auf über 4,5 TFLOPS anstieg, ist unser WU Vorrat sozusagen abgegrast. Obwohl wir mehr als genug Arbeit für noch wesentlich mehr Teilnehmer haben, kommen wir momentan mit der WU-Produktion nicht nach, da diese im Gegensatz zu vielen anderen Projekten äusserst rechenintensiv ist (für jede WU muss auf dem Server eine kleine Minisimulation durchgeführt werden). Was immer an WUs produziert wird, laden die vielen Clients nahezu sofort wieder herunter und leider sind die momentan produzierten WUs etwas kurz (was wir ohne die Minisimulation auch nicht vorhersehen können). Wir probieren jetzt über das Wochenende selektiv längere Tasks einzuspeisen, um dem Server Zeit zu geben, den Arbeitspuffer wieder hochzufahren. Dieser war bislang auf 100k WUs gesetzt, die immer auf Vorrat sein müssen und wurde gestern angesichts der aktuellen Verdopplung der Projektleistung erst mal verdreifacht.
Michael.
3 Sep 2010, 12:25:22 UTC · Discuss

New WU information panels available
We have developed a small script that generates a graphical overview of a given CMCALIBRATE WU set regarding expected runtime requirements. See below for links to the figures (SEED, FULL, COMBINED). We plan to implement this in a fully automated manner for CMSEARCH as well. A central display URL will be selected soon (probably on the server status page).

Wir haben ein kleines Skript entwickelt, welches euch einen grafischen Überblick über die zu erwartenden Laufzeiten der aktuellen CMCALIBRATE WU-Archive gibt. Dieses wollen wir bald voll automatisiert an zentraler Stelle (wahrscheinlich auf der Server-Satusseite) auch für jedes ausgelieferte CMSEARCH WU-Archiv verfügbar machen.

SEED: http://www.rnaworld.de/rnaworld/cmc_rfam10_seed.png
FULL: http://www.rnaworld.de/rnaworld/cmc_rfam10_full.png
COMBINED: http://www.rnaworld.de/rnaworld/cmc_rfam10_both.png

Michael.
24 Aug 2010, 2:15:03 UTC · Discuss

Virusscanner issues - all false positives
Since a few days, some of the current virus scanners, as e.g. AntiVir, report a virus threat for the RNA World-associated file graphics_0.06_windows_intelx86.exe. This is a false positive detection that relates to the imperfect heuristics of these types of software. We have already informed the the antivirus scanner company AntiVir and they confirmed that this file is NOT a virus (we have that in writing!). As a consequence, the false-positive detection will be fixed in one of the next scanner updates. However, you need to take immediate action to prevent your machines from trashing one RNA World WU after the other if your system is Windows-based. You need to exclude the RNA World work directory from being scanned as long as the company has not fixed that issue. Please note, that RNA World will NEVER distribute malware! Thanks to the people who came to our forum and brought this issue to our attention such that we could inspect it in detail and solve the problem.

Seit einigen Tagen melden einige Virenscanner (u.a. z.B. AntiVir) für die RNA World assoziierte Datei graphics_0.06_windows_intelx86.exe einen Virus (WORM/Autorun.blot). Hierbei handelt es sich um eine Falschmeldung, wie uns die Firma AntiVir schriftlich bestätigte. Das Problem wird zumindest von AntiVir in einer der nächsten Versionen behoben sein. Dennoch ist ein sofortiges Eingreifen unter Windows erforderlich, indem einfach das RNA World Arbeitsverzeichnis in der Virenscannerkonfiguration von der Virensuche ausgenommen wird - zumindest solange, bis das Problem vom Hersteller behoben wurde. Hintergrund ist die ärgerliche Tatsache, dass sonst u.U. eine WU nach der anderen geschrottet werden kann. Generell gilt: RNA World versendet NIEMALS Malware. Vielen Dank an die Leute, die uns dieses Problem in unserem Forum gemeldet und somit dazu beigetragen haben, dass wir es aufklären und eine Lösung finden konnten.

Michael.
21 Aug 2010, 1:17:07 UTC · Discuss

CMCALIBRATE WUs uploaded
As announced, the second Rfam 10.0-based CMCALIBRATE WU set has been uploaded to the server and will be processed as soon as the current WU archive generation (CMSEARCH) has completed.

Wie angekündigt wurde das zweite Rfam 10.0 basierte CMCALIBRATE WU Archiv auf den Server hochgeladen und wird ausgeliefert, sobald der Server die aktuelle WU-Generierung (CMSEARCH-Archiv) fertiggestellt hat.

Michael.
15 Aug 2010, 20:22:32 UTC · Discuss

Final round of Rfam 10.0 CMCALIBRATE WUs
The CMCALIBRATE WUs containing the Rfam 10.0 seed alignments have been almost finished, so we are planning to feed in the full alignments some time this weekend. Again, Linux x64 machines will be challenged. This time, the maximum run time (Intel P8600 CPU, 2.4 GHz) is an impressive 285 hours job - but as usual this one is an exception out of a total of 1445 tasks.

Die "seed" Alignments der aktuellen Rfam 10.0 Version sind in recht kurzer Zeit nahezu komplettiert worden, sodass wir dieses Wochenende das Einspeisen der "full" Aligments angehen möchten. Auch dieses Mal werden angesichts des Rechenanspruchs nur Linux x64 Maschinen bedient. Wir rechnen mit einer maximalen Laufzeit von beeindruckenden 285 Stunden auf einem Intel P8600 Prozessor (2,4 GHz) - allerdings nur für eine von insgesamt 1445 WUs.
Michael.
13 Aug 2010, 0:55:01 UTC · Discuss

Rfam 10.0 issue resolved, seed WUs released
After resolving a small uncertainty with the latest Rfam database release, we have now prepared and uploaded novel work to the RNA World server for those who run Linux x64 machines. The maximum CMCALIBRATE run time of the current set of Rfam 10.0-based work units as estimated on an Intel P8600 CPU at 2.4 GHz is 72:50 (hh:mm). The vast majority of WUs, however, will take only around one hour (approx. 10 WUs out of a total of 1446 require run times above 20 hrs). I hope this is acceptable even without checkpointing.

Nachdem die Unklarheit bezueglich eines Alignments in der 'seed' Version der neusten Rfam 10.0 Datenbank geklaert werden konnte, haben wir nun den angekuendigten Satz neuer CMACLIBRATE WUs auf den Server geladen. Die maximale Laufzeit - gemessen auf einem Intel P8600 Prozessor (2,4 GHz) - sollte 72:50 Stunden (ss:mm) dauern. Die Mehrheit der WUs liegt allerdings deutlich darunter und zwar bei ca. 1 Stunde Rechenzeit (ca. 10 WUs von genau 1446 liegen oberhalb von 20 Std.). Ich hoffe, das ist selbst ohne Checkpointing akzeptabel.

Michael.
30 Jul 2010, 21:44:27 UTC · Discuss

Release of CMCALIBRATE mini WUs
I just uploaded a first mini set of the new CMCALIBRATE WUs for Linux-x64 that are based on Rfam-10.0.

Ein erster Satz CMCALIBRATE Mini-WUs für Linux-x64 Maschinen wurde gerade zur Abarbeitung bereit gestellt. Diese WUs basieren auf der neusten Rfam-10.0 Datenbankversion.

Michael.
26 Jul 2010, 23:41:44 UTC · Discuss

Delay of CMCALIBRATE WU delivery
The announced CMCALIBRATE WUs have already been prepared. It seems, however, that there might be a minor inconsistency in the current Rfam 10.0 database data set which we would like to have clarified before we release the new work.

Obwohl angekündigten CMCALIBRATE WUs bereits zur Ausgabe vorbereitet sind, können wir sie erst ausgeben, sobald wir eine kleinere Datensatzinkonsistenz in der neusten Rfam 10.0 Version geklärt haben.

Michael.
25 Jul 2010, 11:52:38 UTC · Discuss

New set of CMCALIBRATE WUs
Probably on the weekend we will release new CMCALIBRATE WUs for 64 bit-based Linux systems. These WUs will naturally be a bit more demanding than the CMSEARCH stuff we are mainly running at present, so make sure you adjust your project setting accoringly to receive only those WUs which your machines can handle - although the new WUs should not be much more demanding than what we had before with CMCALIBRATE (maybe with a few exceptions, however).

Wahrschenlich schon am Wochenende werden wir einen neuen Satz CMCALIBRATE WUs für 64-Bit basierte Linux Systeme in die freie Wildbahn entlassen. Diese WUs werden erwartungsgemäß etwas anspruchsvoller sein, als was wir aktuell mit CMSEARCH berechnen. Schaut also bitte, dass ihr eure Projekteinstellungen entsprechend anpasst, damit ihr wirklich nur diejenigen WUs bekommt, die eure Maschinen auch bewältigen können. Die neuen CMCALIBRATE WUs sollten allerdings nur unwesentlich anspruchsvoller sein, als was wir bisher mit CMCALIBRATE berechnet hatten, allerdings könnte es ein paar Ausnahmen geben.

Michael.
13 Jul 2010, 19:16:58 UTC · Discuss

Bilingual NEWS messages
From now on we will post all NEWS messages in two languages: English and German.

Ab heute werden wir sämtliche NEWS-Meldungen zweisprachig herausgeben: Auf Englisch und Deutsch.

Michael.
11 Jul 2010, 11:49:46 UTC · Discuss

Searching for translators
The RNA World project description is currently only available in English and German. We are searching for help to translate the project description into as many languages as possible. Please contact us if you want to help.

yoyo
25 Jun 2010, 21:19:08 UTC · Discuss

Brief conference update
Just a short note on the latest developments: I am currently experiencing remarkable interest in our project at the RNA conference in Seattle. It seems that quite a number of people is interested in cooperating with us in the future. Some of these people do have full trancriptome sequences available that would help us to validate our computational results on a lab experimental basis. So, I think these are really exciting news.
Michael.
25 Jun 2010, 20:50:02 UTC · Discuss

RNA World conference presentation
Today I would like to inform you that we will present the RNA World distributed computing project at the RNA 2010 conference of the RNA Society held next week in Seattle/USA. Thanks a lot for your valuable contributions which ultimately made this presentation possible and hopefully will allow us to make new contacts to many RNA researchers in order to establish additional cooperation projects.
Please also note that this will be the second official presentation of the RNA World project within eight months, so we are quite happy about that and will now prepare to publish our first scientific results in a peer-reviewed journal.
Michael.
17 Jun 2010, 22:45:26 UTC · Discuss

Problems solved
The WU generator is working again, the small WUs will now be processed on the server, except for very, very few which we will deliver to some remote machines. Please also note that the server response delay has been drastically reduced such that connection issues should be resolved by now as well.
We have plenty of WUs, will not run out of work and hope for your further support which is very much appreciated. ;-)
Michael.
30 Apr 2010, 12:21:04 UTC · Discuss

WU generator transiently stopped...
...due to improvements we are currently working on to process the tiny WUs on the server in the future. The background is that batches of very short WUs cause severe server stress regarding the number of connections and MySQL requests despite our good server hardware specifications. Since these small WUs will re-occur in future projects as well, we need to do something about this. At present, we have implemented a server response delay which is causing many machines to sit idle exclusively once these small WU batches enter the system - a situation which clearly is unacceptable. These WUs are usually consisting of plasmids or phages with very short DNA sequences and are consequently processed within just a few minutes - sometimes even shorter depending on your hardware - and therefore the server contact frequencies are massively increased. We could solve the issue by just adding a couple of servers as put into practice by some of the bigger DC projects. Unfortunately, our current project budget does not allow for such a solution, so we decided to process these small WUs on one or two of the server cores in the future.
Michael.
28 Apr 2010, 6:36:30 UTC · Discuss

Genome annotations running
As you may have seen, in parallel to the tuberculosis project, we have also initiated the systematic genome annotation analyses (GA projects) in order to globally map the presence of non-coding RNAs.
Michael.
26 Apr 2010, 8:20:14 UTC · Discuss

Tuberculosis project
The first set of WUs dealing with our tuberculosis project (please see the previous thread and the scientific project objectives on our website) is now ready for processing. These WUs should have quite heterogeneous run times of up to a maximum of 10 hrs (on an Intel i7 920 2,66 GHz Quad-Core CPU) and should be devoid of RAM or traffic problems. I hope that even those that had problems with our last set of huge CMS WUs will consider participating again since I believe this is a very interesting research project.
Michael.
7 Apr 2010, 12:50:59 UTC · Discuss

CMS RAM issue, current WUs and novel project
You may have noticed that I am a bit less responsive during the past two weeks concerning user support. This in fact has good reason since I am currently travelling around in India to meet our cooperation partners and discuss a set of very interesting projects I have planned from long hand since quite some time now. The outcome is this: While we are currently working on resolving the RAM issue with the large eukaryotic work units, as of today, I have replaced the remaining WUs of this batch by a novel, highly exciting project dealing with tuberculosis that is actually based on our very promising results obtained for the Lin64 CMC WU series we completed successfully a few weeks ago. I have meanwhile tested these Lin64 CMC results and they seem perfect as all testings could be completed to my full satisfaction.

If all works as expected, you can expect the first WUs of the tuberculosis type to pour in on your machines by tomorrow or maybe even tonight. We just have to finish up the latest large WU batch that has been processed and fed in by the server. For a few more details on that project, just take a look at our constantly improving scientific objectives page.

Michael.
5 Apr 2010, 17:46:08 UTC · Discuss

no multiple screensaver starts anymore
With cmcalibrate 0.22 for win32/64 and cmsearch 0.11 for win32/64 the screensaver shouldn't start multiple times anymore.
yoyo
18 Mar 2010, 20:59:27 UTC · Discuss

New work
This weekend we will release new work. As announced earlier, first we will send out two sets of CMC WUs exclusively for Windows x64 machines. These will be submitted this evening. In parallel to that we will upload our first CMS test set of WUs to analyze eukaryotic organisms including the human genome to all systems. Please note that these WUs will require a broadband internet connection since the sizes of the genomes of these organisms are one to two orders of magnitude larger than all what we have analyzed so far. Importanly, run times can be significantly longer as well with up to 100 hrs for a single WU. Also, please watch the RAM requirements since a few WUs might end up taking up to 2.3 GB of memory.
Michael.
6 Mar 2010, 18:56:29 UTC · Discuss

Problem solved
I have good news for those of you whose machines failed on the CMC "monster WUs" delivered to Linux x64 systems. Tonight we most likely solved the problem which indeed has to do with memory allocation. A new parameter setting has been applied and these WUs are now out again in the wild for those who dare munching on them once again. Solving this problem was only possible with the valuable help of some of you who ran the diagnostics which we had posted to diverse forums. Thanks again for your help.
Michael.
5 Mar 2010, 22:49:05 UTC · Discuss

last 2 cmsearch archives
With the last 2 cmsearch runs we send and received round about 900.000 results and transfered 1 TByte of data.
yoyo
4 Mar 2010, 21:32:03 UTC · Discuss

Current status
The entire set of CMC work units for Linux x64 machines is almost complete now and so is the current CMS bundle. We have already prepared the first eukaryotic organisms which will cause significantly more traffic during download and correspondingly require more HD storage as well. As soon as the results have been assembled (a matter of just a few days), we will normalize the client server communication intervalls such that all the problems that occurred with the last CMS work units will not reappear. We will then release a set of CMC work units for Windows x64 only plus a first test set of the eukaryotic CMS WUs for all systems to check whether it runs smoothly. If that is the case, we will fill up the server with more work. Exact dates will be announced here.
Thank you all for your patience and help with the trouble shooting.
Michael.
4 Mar 2010, 15:09:40 UTC · Discuss

Run-time filter required
I think we will need to design a filter on the server side that, based on the run time estimates, prevents such small WUs from being sent out to clients in the future. Although we have more than 200,000 WUs left, little is computed due to the extremely heavy MySQL load that is caused by the massive connections. So, another lesson learned, I would say. These small WUs in fact can easily run on some of the (mostly idle) server CPU cores and should also finish within a few days.
Michael.
23 Feb 2010, 5:42:23 UTC · Discuss

Transitioner and validator transiently disabled
Due to the extremely short WU completion times we have transiently halted the transitioner and validator which both will be reactivated this evening. The WU generator continues to run.
Michael.
22 Feb 2010, 8:21:53 UTC · Discuss

Application priorities and server responsiveness
We have tweaked a bit server-side on the application priorities such that CMC WUs will go out preferentially compared to CMS WUs. This should help to avoid displacing CMC WUs that are already in progress by CMS WUs which have much shorter deadlines. Moreover, it should help those of you running many machines that differ in OS to make sure all systems are being served without having to disable the one or the other application manually anymore (as e.g. CMS on Linux x64). Additionally, it should reduce the need for setting up complex profiles for individual machines. Please note that CMC WU completion always is of major importance to us since this process represents the bottle neck for all of our current downstream analyses.
Also, due to the floods of rather short WUs our server is having a hard time on the MySQL side. In response to this, we have altered the scheme by which work is fed into the RNA World system such that in the future the run time distribution can be controlled much better. At present, the server has some sort of a protection setting that simply reduces the server responsiveness if too many clients ask for communication in a very short period of time. At your end it might therefore look as if no work was there or as if the server is down. But be assured, both should not be the case, so just keep on crunching.
Michael.
21 Feb 2010, 16:30:06 UTC · Discuss

New work prepared
We are making good progress with the remaining CMC work units. The announced CMS WUs have already been prepared. It should be around 300,000 this time. Because the CMS WUs coming up will have significantly shorter deadlines than the remaining CMCs, I would like to once again ask Linux x64 users to make sure to disable the cmsearch application as long as their machines are still receiving CMCs. By doing so, you help to significantly speed-up the proejct as a whole and allow us to much earlier generate lots of new CMS work units for all machines. Thanks for your help!
Michael.
20 Feb 2010, 22:06:39 UTC · Discuss

HD checkup complete, new CMS WUs ahead
Last night we have run a thorough HD hardware check over several hours to identify the reason for why our RAID system on the server occasionally slows down. However, the HD is error-free.
Anyway, new CMS work units for all operating systems will be released some time this weekend in addition to the remainder of the CMC work for Linux x64 machines. It would help us to speed up things (and generate even more CMS work) if the Linux x64 users could transiently disable the cmsearch application and focus on completion of the CMC packets.
Michael.
19 Feb 2010, 8:11:07 UTC · Discuss

CMC only, for a while...
Well, the current test sets of CMS work units are near completion and we will now have to wait until all CMC WUs are done as well before we can go for the real big hunt. Since currently only Linux x64 systems can be served, this might take a few days, so I would suggest that meanwhile you guys add another project to your BOINC manager if you have not done so already. It is of course possible (and even likely) that I will submit new sets of CMS WUs for other OS inbetween but first I need to take a deep look into all the nice things we have produced already.
Please stay tuned, you all have done an excellent job so far. ;-)
Michael.
15 Feb 2010, 16:40:32 UTC · Discuss

Some unexpected anomalies
You probably have notice already that the server status page indicates some issues with the server. In fact, we are manually tweaking a bit with the database settings so that is why you see these messages. The DB is sort of slow and Yoyo tries to find out what is happening, so from time to time the machine has to be restarted to check effectiveness of some setting changes. Still, apart from some occasional work serving delays, all computations may continue and especially the CMC guys hopefully have enough to do with completion of what has been served so far. Please also note that there are additional CMS work packets in the server's processing queue. These will be fed into the system as soon as the DB issue is alleviated.
Michael.
14 Feb 2010, 14:05:24 UTC · Discuss

CMC work units available for Linux x64 systems
The new CMCALIBRATE (CMC) WUs for Linux x64 have been generated and uploaded to the server. Following their completion, a second set of CMC WUs will be released for Windows x64. Afterwards, results will be compared and then there should be no more WU shortage since on the basis of the CMC results we will most likely commence with CMSEARCH mass production.
In parallel to this weekends CMC WUs, additional CMSEARCH WUs will be fed into the system to ensure that those of you who do not run Linux x64 systems will have something to munch on.
For the CMC guys, please note as stated in the FAQ: You may experience huge hardware demands for some of these WUs with RAM requirements above 1.5 GB per WU and run times of maybe even a week. If you have a multicore machine, be aware that the RAM requirement in the worst case might have to be multiplied by your core number. Now you will understand, why we run CMC exclusively on x64 machines at present. Of course, I exaggerate a bit here, but it is better to be prepared than to experience unwelcomed surprises. I do not think that there is another DC project out there at present that beats us in what we have to demand from our participants. Consequently, your efforts are most welcome.
Michael.
13 Feb 2010, 16:19:28 UTC · Discuss

Some server beating...
The current sets of work units have remarkably short run times, so our server is currently preparing WUs which are almost immediately getting downloaded and will be returned successfully within a few minutes - sometimes even just within a few seconds. So, the server intentionally gets some hard beating today. For us, this is important to check out the limits such that we can combine the work packet contents more effectively in the future, i.e. avoid releasing short WUs only, but sort of "sprinkle" them amongst larger ones.
There is more CMSEARCH work in the pipeline and some time during the weekend I intend to put a set of "heavy duty" CMCALIBRATE work units online. For reasons of internal result comparison, this time, they will be assigned exclusively to Linux-64 machines.
Michael.
12 Feb 2010, 15:48:57 UTC · Discuss

New work
As announced, the server is currently getting fed with new work.
Michael.
10 Feb 2010, 4:34:11 UTC · Discuss

WU shortage will be resolved by tomorrow
I am preparing new work units since yesterday night and was actually baffled how fast the current projects were completed. That's plain excellent! By tomorrow at the latest we will have additional work. I will need to keep a better eye on the work queue but for that I need a more solid estimate of what you people can do with your machines. Thanks for your understanding.
Michael.
9 Feb 2010, 14:07:32 UTC · Discuss

New work units ahead
A warm welcome to the many newly registered participants. ;-) I will release a set of new work units today so that you guys get an idea about what computing for RNA World feels like. As always, we will be doing useful stuff, so these are no dummy WUs or so. ;-)
Michael.
8 Feb 2010, 12:31:42 UTC · Discuss

Account registration open
Although we are still in testing mode and currently have few if any work units since we have to perform thorough in-depth data analysis of our previous test runs, we have now transiently opened RNA World registration without further invitation code requirements. ;-)
Michael.
6 Feb 2010, 14:15:11 UTC · Discuss

Work unit shortage ahead
After completion of the current work packet, we will have to do some in-depth data analysis. During that idle time, new work units will be prepared. It is possible that there will be no additional work available before next week.
Michael.
4 Feb 2010, 7:59:40 UTC · Discuss

Participants using W2K wanted
We are currently looking for a few people willing to help in our testing efforts who exclusively use Windows 2000 as operating system. Please contact us.
Michael.
2 Feb 2010, 12:49:38 UTC · Discuss

Server migration completed
RNA World has successfully moved to a new server based on an Intel i7-920 Quad-Core machine with 12 GB of RAM and a dual 1.5 TB RAID system, as announced earlier. The server now also runs everything on a 64 bit basis, in contrast to the previous one where everything was 32 bit. As a consequence, a lot of stuff had to be de novo installed, recompiled and currently we run test work units to check for proper function of the system. If you receive an ERROR 403 please just clear your DNS cache (simply restart your machine) to solve this issue. Thanks to the many generous donations and Yoyos ambitious commitment we could put this significant project improvement quickly into practice. Please note that it might still be possible that we detect the one or the other issue.
Michael.
31 Jan 2010, 12:44:06 UTC · Discuss

Maintenance break and server move
Probably on Friday evening (UTC) we will start to setup the new server and move RNA World to it over the weekend. There will be probably some RNA World outages during weekend. To limit the risk of loosing credits and/or results, you should report your results before Friday evening. Thanks to all donations to make this possible!
26 Jan 2010, 20:30:25 UTC · Discuss

Work available and preliminary server info
The server is currently delivering another set of approx. 25.000 work units. After that, we will have to do some in-depth analysis of the results acquired so far and maybe use the idle time to migrate the server to a new machine which, hopefully, will be an Intel i7-based quad core with 12 GB of RAM and a dual 1.5 TB HD RAID system. ;-)
Michael.
25 Jan 2010, 10:39:31 UTC · Discuss

New work units...
...again. ;-) There should be almost 9000 out by tonight. I have a set of additional work archives ready for delivery, but we always need to be a bit careful with the current server since it also hosts the Yoyo@home project and we have currently little space on that machine. So it is always possible that there is a lack in work supply. But that should be resolved as soon as we move to the new server. ;-)
Michael.
22 Jan 2010, 18:26:49 UTC · Discuss

ready to translate
RNA World is now available in the Boinc translation system (BTS). The project can now be translated to any language. Currently there are only 4 languages available. If you want to translate to an additional language, just give me a note and I add the template.

yoyo
18 Jan 2010, 18:42:03 UTC · Discuss

Again more work
The server is currently preparing another set of approx. 8500 work units. Following that I will add even more. Our change in HR settings seem to work just fine so we are getting closer and closer to finally going public. However, it seems that our server might be too weak for full operation since it is also hosting the Yoyo@home project. As a consequence, we will move RNA World to a different machine. ;-)
Michael.
18 Jan 2010, 9:48:52 UTC · Discuss

Donators, Sponsors needed
Last night our server was total overloaded. Also the disc is now nearly full. We need now to rent a much more powerfull server with much more disc space. For this we need donations or sponsors to help us with the costs. If some people, company or organisation wants to donate something or to be a sponsor, you are welcome. Just contact us. Only with a bigger server we can go public with the project.
16 Jan 2010, 21:06:50 UTC · Discuss

A set of novel CMSEARCH work units...
...will be available today. After changing the HR class for this application, we need to conduct a set of further tests. We will combine that by searching the entire set of 958 completely sequenced bacterial genomes (as stored in EMBL database) for the presence of a small RNA. So, with this (1) we combine the HR test with a scientific project we would also perform assuming the system works perfect (which, of course, we actually do) and (2) we expect to have a few more work units this time. ;-)
Michael.
13 Jan 2010, 10:24:02 UTC · Discuss

RNA World in deutsch
Die RNA World Seite gibts jetzt auch in deutsch. Fehler, Probleme und Inkonsistenzen bitte im Forum melden.
9 Jan 2010, 21:31:19 UTC · Discuss

cmsearch HR class
We changed HR class for cmsearch to coarse grain to see if there are any problems with validating results.
9 Jan 2010, 12:23:03 UTC · Discuss

Additional work units loaded...
...today.
Michael.
7 Jan 2010, 14:56:17 UTC · Discuss

Again new work units for CMSEARCH
For additional test purposes, I will again release around 2000 work units today. Stay tuned... ;-)
Michael.
4 Jan 2010, 10:28:54 UTC · Discuss

Coming up today: new work units for CMSEARCH.
The results from the previous CMCALIBRATE test round came in today and look quite promising, so we will use these to release another few hundred work units today to check the performance of CMSEARCH. If we are lucky, the results of these may already form the basis for our first scientific publication.

Michael.
31 Dec 2009, 11:40:20 UTC · Discuss

MERRY CHRISTMAS AND HAPPY NEW YEAR!
I would like to wish all participants and early testers of RNA World a very Merry Christmas and a happy New Year!

yoyo
24 Dec 2009, 10:04:01 UTC · Discuss

Import of Boinc wide teams
I imported all Boinc wide registered teams. Now we should have more than 600 additional testers.
21 Dec 2009, 22:47:00 UTC · Discuss

WUs aborted
I aborted the last set of cmsearch wus. They were generated with a to low max result size boundary. Additionally the assimilator on the server was doing some strange things. I fixed both and generated a new batch of cmsearch wus.
21 Dec 2009, 22:44:52 UTC · Discuss

wus wrong
I aborted the last round of work units. They were generated using a wrong cmbuild version. This is now fixed and they are generated again.
18 Dec 2009, 22:32:30 UTC · Discuss

science
Applications are update to the newest Infernal version. We released also some workunits.
18 Dec 2009, 19:44:00 UTC · Discuss

science
Update of project description.
3 Dec 2009, 17:44:00 UTC · Discuss

server update
I used the stable_server version for the server update. But the feeder crashed and I needed some hours to debug the feeder and find the problem. There is an bug in the source which happens if HR us used.
6 Nov 2009, 21:16:00 UTC · Discuss

server update
Server updated, will now create some test wus for all apps.
6 Nov 2009, 18:16:00 UTC · Discuss

server update
Updating the Boinc server to the lates server_stable branch.
6 Nov 2009, 16:20:00 UTC · Discuss

app testing
Testing the first application.
29 May 2009, 13:50:00 UTC · Discuss

Server setup
Welcome to RNA World! The server is now setup and runs upperCASE.
21 May 2009, 11:50:00 UTC · Discuss

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